富马酸亚铁多库酯钠胶囊可能会引起患者出现排黑便、恶心、腹痛等副作用。有酒精中毒、肠道炎症、溃疡性肠炎、非缺铁性贫血、铁负荷过高、肝肾功能损伤严重、尿路感染等现象时盲目服用本品，可能会使原有症状加重，甚至出现新的不良反应。
本品与其他药物同服，或者在药物性状发生改变时继续服用，也容易出现不适。
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